Η αποστολή του Τμήματος είναι η εκπαίδευση γεωτεχνικών επιστημόνων με τις απαραίτητες γνώσεις της επιστήμης και της τεχνολογίας για την εκπόνηση ολοκληρωμένων σχεδίων αειφορικής γεωργικής ανάπτυξης, μελετών και έργων, τη σύνταξη στρατηγικών και πολιτικών σχετικά με την αειφορική γεωργική πρακτική και την οικολογική μετάβαση της γεωργικής πρακτικής και παραγωγής, τον σχεδιασμό και διάδοση πρακτικών για τον μετριασμό των επιπτώσεων της γεωργίας στις εκπομπές αερίων του θερμοκηπίου και την προσαρμογή της γεωργίας σε μεταβαλλόμενες κλιματικές συνθήκες, την προετοιμασία τους για τη στελέχωση φορέων του δημοσίου και ιδιωτικού τομέα, των γεωργικών εκμεταλλεύσεων, των επιχειρήσεων του κλάδου των τροφίμων και των ποτών, των φορέων ελέγχου και υποστήριξης των επιχειρήσεων, όπως ερευνητικών εργαστηρίων και ινστιτούτων, εργαστηρίων μικροβιολογικών αναλύσεων και ποιοτικού ελέγχου της γεωργικής παραγωγής, αειφορικής διαχείρισης φυσικών πόρων και προετοιμασίας των εξαγωγικών επιχειρήσεων τροφίμων, φορέων παροχής συμβουλευτικών και εκπαιδευτικών υπηρεσιών με έμφαση στα συστήματα αειφορικής διαχείρισης, βιολογικής γεωργίας, οικολογικής γεωργίας, ολοκληρωμένης γεωργίας, γεωργίας ακριβείας, γεωργίας δέσμευσης άνθρακα, κ.λπ.
Από το 2022 το Τμήμα Αειφορικής Γεωργίας έχει ξεκινήσει δυναμικά με την σύνταξη ενός πλήρους, δυναμικού και επίκαιρου προγράμματος προπτυχιακών σπουδών λαμβάνοντας υπόψη τις σύγχρονες απαιτήσεις των επιστημόνων που θα αποτελέσουν τους αειφορικούς διαχειριστές της σύγχρονης γεωργικής παραγωγής.