Το Τμήμα διοικείται, από τη Γενική Συνέλευση του Τμήματος. Ο Γραμματέας του Τμήματος συνεπικουρείται από το διοικητικό προσωπικό και έχει την ευθύνη λειτουργίας της Γραμματείας. Στη Γενική Συνέλευση μετέχουν τα μέλη ΔΕΠ του Τμήματος, ένας (1) εκπρόσωπος των προπτυχιακών ένας (1) των μεταπτυχιακών φοιτητών του Τμήματος, ένας (1) εκπρόσωπος των μελών Ειδικού Τεχνικού Εργαστηριακού Προσωπικού (ΕΤΕΠ) και ένας (1) εκπρόσωπος των μελών Εργαστηριακού Διδακτικού Προσωπικού (ΕΔΙΠ). Ο Πρόεδρος του Τμήματος συγκαλεί τη Γενική Συνέλευση, προεδρεύει των εργασιών της και προΐσταται των εργασιών του Τμήματος.
Οι διοικητικές αρχές του Τμήματος για το ακαδημαϊκό έτος 2024-2025 απαρτίζονται από τους εξής:
Πρόεδρος Τμήματος: Γιώργος Τσιάμης, Καθηγητής